Her ne kadar probiyotiklerin sağlığa faydalı olduğu düşünülse de, bazı insanlar için bu mikroorganizmaların ilk sindirimi bir dizi rahatsız edici semptomlara neden olabilir. Probiyotikleri ilk kez kullanan bazı kişiler şişkinlik, ishal, baş ağrısı, ateş, kas ağrısı, bilinç bulanıklığı ve muhtemelen anksiyete gibi semptomlar yaşayabilir. Bu semptomların, potansiyel patojenlerin ölümü veya bağırsak tepkilerinin yeniden aktif hale gelmesi gibi vücutta meydana gelen değişikliklere bir yanıt olduğu düşünülmektedir; bu olguya bazen "Herxheimer reaksiyonu" adı verilir.
Herxheimer reaksiyonu, genellikle vücudun yeni bir mikrobiyal ortama uyum sağladığını gösteren bir başlangıç tepkisidir. Bunun nedeni, probiyotiklerin mevcut mikrobiyal toplulukla etkileşime girerek bakterilerin ölümüne veya bu semptomları tetikleyen metabolitlerin salınmasına neden olması olabilir. Rahatsız edici olmasına rağmen bu reaksiyon genellikle kısa ömürlüdür ve hızla azalır. Vücudun homeostazis sürecinin bir parçası olarak düşünülebilir.
Bu genellikle az sayıda insanı etkiler; semptomlar hafiftir ve genellikle yalnızca birkaç günden birkaç haftaya kadar sürer. Bu belirtiler sizi rahatsız ediyorsa dozunuzu azaltabilir veya birkaç gün kullanmayı bırakıp tekrar denemeyi tercih edebilirsiniz; eğer bu belirtiler birkaç haftadan uzun sürerse kullanmayı bırakın; Nefes darlığı, boğazda sıkışma, kurdeşen veya diğer alerjik reaksiyon belirtileriniz varsa lütfen kullanmayı hemen bırakın. Özellikle sindirim sistemi hassas olanlar için yan etki olasılığını azaltmak için, az miktarda probiyotikle başlamak ve ardından birkaç hafta içinde dozu artırmak akıllıca olacaktır.
Nadir durumlarda probiyotik alımı enfeksiyona yol açabileceğinden, ciddi bağışıklık yetersizliği olanlarda probiyotiklerin özellikle dikkatli kullanılması gerekir. Bunun nedeni, bağışıklık sisteminin vücuttaki mikroorganizmaların çoğalmasını etkili bir şekilde kontrol edememesi ve enfeksiyon riskine neden olmasıdır.
Bazı insanlar belirli probiyotik türlerine, özellikle de Saccharomyces boulardii ile ilgili mayalara karşı alerjik reaksiyonlar gösterebilir. Laktobasiller gibi diğer probiyotik türleri genellikle alerjik reaksiyonları tetiklemez.
Bazı probiyotikler sindirim sisteminde histamin üretebilir. Aşırı histamin salınımı, özellikle histamin intoleransı olan kişilerde kaşıntı, gözyaşı üretiminin artması, burun akıntısı, nefes almada zorluk, kızarıklık ve şişlik gibi semptomlara neden olabilir. Rahatsızlığı önlemek için bu probiyotik türlerinden kaçının.